药物治疗包括以下几种：
1：轻型或首次发现者，用鬼臼树脂溶于安息香酸酊或矿油中，于局部涂擦，注意勿使于周围正常组织，减少刺激。用后局部变白，稍有烧灼感，每周一次，不足6次可脱痂治愈。但此药有全身中毒反应，故不能用于孕妇。
2：三氯醋酸局部涂擦，腐蚀作用较强，疼痛厉害可每周1次，一般3次可愈。
3：北京协和医院用1％酞丁胺膏涂擦，每日3次，坚持6周可望治愈。
4：尖锐湿疣灶亦可用电烧、冷冻、激光或红外线治疗，易于控制而效果较佳。
用中药可以治本除根.目前临床上普遍使用干扰素，白介素，转移因子，胸腺肽，甘露聚糖肽等抗病毒药物，只是抑制病毒复制，不能把病毒杀灭，也不能把病毒排出体外并清除干净，而激光、冷冻、手术及外用药点擦等只能祛除表面肉眼看得见的疣体，治标不治本，所以复发率高，致使尖锐湿疣反复发作，给患者带来沉重的精神压力。
一定要把体内病毒清除干净，将病毒及毒素彻底排出体外，治本除根，尖锐湿疣才不会复发。但目前能做到这一点的只有中医中药，中医治疗本病以清热利湿、活血、软坚、散瘀、解毒消疣的中药内服，清除体内血液中及组织细胞核内的病毒及治疗后残留的病毒，使疣体自动脱落，能达到根治的目的，且具有毒副作用小，不激光、不手术、不留疤痕、标本兼治、愈后不复发、治本除根的优势。
尖锐湿疣(CA)又称尖锐疣，或称性病疣，是由人类乳头瘤病毒(HPV)感染人体所引起的表皮肿瘤样增生
中医认为尖锐湿疣的病机是湿热淤阻气机 ,治疗的方法应以清热、解毒、祛淤、利湿、活血、消疣去毒调节免疫能力为主
西医和中医治疗尖锐湿疣的方法不同.
中医药治疗具有萎缩疣体，不激光、冷冻、手术，不留疤痕，标本兼治，愈后不复发，治本除根的优势。
尖锐湿疣的发病，一方面是感染了HPV病毒的感染所至；而另一方面是机体或局部免疫能力的下降导至感染病毒。因此治疗也要从这两方面入手，即物理去除疣体（用药或手术）后，适当的进行抗病毒、增强免疫的治疗。
